celldatasci CD501说明书
RNAstorm FFPE RNA Extraction Kit
Catalog No. CD501
从FFPE组织样品中提取RNA的适合解决方案。包括可处理多达50个样品的试剂。
RNAstorm™试剂盒 – 从FFPE样品中提取强大的RNA
福尔马林固定的组织样品是RNA提取的挑战，通常导致可扩增的RNA的低产率和在涉及酶操作的后续步骤中的差的性能，包括逆转录和测序文库制备。
RNAstorm™提取试剂盒采用专有的CAT5™技术，可增强甲醛诱导损伤的去除，并为RNA提供更高的产量和质量，更好的完整性和更高的可扩增性。该技术由Cell Data Sciences研究人员开发，基于斯坦福大学开展的研究，并于2015年在Nature Chemistry上发表。
无论您是进行RNA-seq，qPCR，微阵列还是其他基因表达分析，RNAstorm™试剂盒都是您获得成功的适合机会。
一个简单方便的工作流程
RNAstorm试剂盒为从FFPE样品中提取高产量和高完整性RNA提供了便利的工作流程。
该试剂盒还可与DNAstorm™试剂盒结合使用，从同一组织切片中获得纯DNA和RNA。
可扩增RNA的产量更高
使用来自各种组织的FFPE样品的RNAstorm™试剂盒可以看到RNA产量和质量的显着改善（通过可扩增RNA的量来衡量），其年龄范围从1976年到2015年。
通过FFPE组织的定量RT-PCR比较RNA回收率。“Q”代表竞争性商业FFPE提取试剂盒。
更高完整性RNA
对于使用RNAstorm TM试剂盒提取的RNA相对于流行的商业试剂盒，观察到增加的DV 200值。DV 200表示使用Agilent Bioanalyzer RNA 6000纳米试剂盒测量的长度大于200nt的RNA的百分比。
使用来自RNAstorm TM试剂盒和试剂盒Q所见的相同样品的RNA获得的BioAnalyzer痕迹的示例性叠加显示如下。
| 应用 | RNAseq，PCR，qPCR / RT-PCR，微阵列 |
| 套件格式 | 手动（包括20/50旋转柱）; 磁珠套件即将推出 |
| DNase处理步骤 | 包括 |
| 输入样本 | 福尔马林固定样品（石蜡包埋或固定剂） |
| 推荐的输入样本量 | 1-4节（每节5-10微米） |
| 分离的RNA类型 | 总RNA（包括miRNA） |
| 隔离时间 | 50分钟的动手时间 |
| 每个套件包括： |
旋转柱
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经常问的问题
使用RNAstorm™试剂盒获得的RNA中是否存在任何污染的基因组DNA？
基因组DNA的污染是一个很大的问题，因为它可以干扰下游应用。RNAstorm™试剂盒包括优化的DNase消化步骤，可去除污染的基因组DNA，而不会显着影响RNA产量。虽然此步骤是可选的，但强烈建议您这样做。
我可以从FFPE样本中获得多少RNA？
影响获得的RNA总量的大变量是样品本身的质量（即组织的类型和数量，以及分离和保存样品时的护理）。使用RNAstorm™试剂盒，并假设至少合理的样品质量，可以获得大于1微克的量。
使用RNAstorm™试剂盒获得的RNA可以用于RNA-Seq吗？
是。只要RNA具有足够高的质量，就可以获得高质量的文库。对于Illumina测序，建议使用至少30％的DV200，并且应使用提供至少1μgRNA的样品。
如何准备组织？
使用切片机从FFPE样品中获得5-10μm切片。如果可以可靠地切割，则可以使用厚度小于5μm的部分。建议不要使用厚度超过10微米的部分，因为它们可能无法*消化。此外，每次提取应使用不超过5个部分（每个10μM）。使用过多的组织会导致消化不*并降低产量。
我可以使用非石蜡包埋的组织吗？
是的，可以使用未包埋在石蜡中的组织。在这种情况下，我们建议机械研磨相当于推荐部分数量的组织。
我可以使用FFPE核心吗？
是的，可以使用FFPE核心。由于核心不使用切片机进行处理，因此如果观察到不*消化，则推荐样品消化更加困难并且建议进行机械均质化（例如使用钢珠）。
你推荐哪种脱蜡方法？
RNAstorm™试剂盒包括推荐的Deparaffinization Reagent。与其他常用方法（例如二甲苯）不同，脱石蜡试剂是，无毒的，不需要使用通风橱。在我们的测试中，所包含的试剂在去除石蜡和允许纯化高质量核酸方面至少与二甲苯一样有效。
定量从FFPE样品中获得的RNA的适合方法是什么？
源自FFPE的RNA比从新鲜样品获得的RNA更准确地定量。仅知道RNA的量是否足够，以及RNA是否适用于下游应用，这取决于以下因素：
- 片段大小分布：如果RNA-Seq由<200nt的片段组成，则5μg样品（通过Qubit测量）对RNA-Seq无用。
- 化学修饰：对于从福尔马林固定的样品中获得的RNA，各种化学加合物和交联（包括碱基修饰，碱基交联和碱 – 蛋白质交联）可使核酸分子不能被酶接近，因此在下游应用中无活性。
- 污染：纯化过程中使用的细胞碎片，蛋白质，盐和清洁剂可能会影响下游检测。例如，基于UV / Vis的方法如Nanodrop特别容易受到在200-280nm范围内吸收的污染物的影响。
- 基于荧光的方法如Qubit容易出现明显错误。使用低浓度的DNA或RNA时，基于染料的检测可能不是线性的。还必须注意RNA样品中基因组DNA的污染，因为用于荧光定量的染料并不*特异于FFPE衍生的DNA或RNA。
- 定量PCR是定量严重受损和修饰的核酸的优选方法。
RIN编号是否应用于确定FFPE衍生RNA的质量？
虽然RIN数可以提供有关样品碎片程度的一般信息，但它不是敏感或可预测的，不足以成为下游性能的有用指标，特别是对于RNA-Seq。通常，FFPE衍生的RNA的RIN数字将在2到3之间。这些样本中的一些将用于RNA-Seq，而其他样本则不会–RIN不会告诉您。
使用Illumina测序在RNA-Seq中稍微更好的预测性是DV200，其代表长于200个核苷酸的RNA片段的百分比。DV200也是基于Bioanalyzer数据计算的，但是存在与所有基于生物分析仪的方法相同的缺点，特别是高变异性。
从FFPE样品中提取RNA时我需要知道什么？
- 避免使用基于有机溶剂的方法（Trizol）
- 避免使用刺激的离液盐（即胍盐）
- 避免使用UV和/或Qubit影响下游定量的洗涤剂（例如Triton X-100）
- 不要依赖RIN来定量FFPE衍生样品的完整性。看看为什么。请改用DV200。
- 使用从福尔马林中去除化学修饰的试剂盒或方法。不要将温度升至80˚C或更高。即使在此温度下短时间也会显着降低完整性。
- 警惕Qubit和Nanodrop浓度，因为有可能被有机分子或DNA污染。
- 使用qPCR定量RNA，并始终仔细查看解链曲线，以确定是否可能发生非特异性扩增。