SARS-CoV-2 N del31-33 Mutation Detection Kit

SARS-CoV-2 N del31-33 突变检测试剂盒

本产品是一步法RT-qPCR检测新型冠状病毒（SARS-CoV-2）Omicron毒株（B.1.1.529）中N区存在的特征性突变del31-33的试剂盒。del31-33 是指N区第31~33位中E、R 和 S三个氨基酸缺失的突变。Omicron毒株是在南非首次发现的变异株，在刺突蛋白中含有30多个突变。它比传统的变异株具有更高的传染性，因而被世界卫生组织（WHO）列为“关切变异株”（Variant of Concern；VOC）。

本产品针对的是突变位点少的N区突变，并非突变位点多的S区。因此引物探针不会与其他突变位点产生反应、干扰测试，即可特异性、高灵敏度检测Omicron。

经证实，本产品不与Alpha变异株、Beta变异株、Gamma变异株产生反应，只与Omicron毒株产生特异性反应。

SARS-CoV-2 N del31-33 突变检测试剂盒【281-37703】

◆试剂盒组成

20 Reactions
RT 酶混合物（20×）	20 μL×1
一步反应混合物（2×）	200 μL×1
野生型引物＆探针混合物 （Wild Type Primer & Probe Mixture）	10 μL×1
N del31-33突变型引物＆探针混合物 （N del31-33 Mutant Type Primer & Probe Mixture）	10 μL×1

◆特点

●　容易判断

●　使用突变型和传统型的引物/探针套装时，可通过比较Ct值进行判断

●　一步法RT-qPCR法快速检测突变

●　约70 min 即可完成

●　使用独立研发的引物探针进行高灵敏突变检测

●　当与其他突变体检测试剂盒组合使用时，所有变异株均可于同一反应条件下在1块96孔板上进行检测

●　N501Y、E484K、L452R、E484Q、del247-253、N del31-33试剂盒的所有PCR反应条件相同，因此可在

●　1块96孔板上进行检测

 

◆检测原理

采用TaqMan^® 探针的1-step RT-qPCR。

▼使用前   在病毒RNA量多的情况下，使用传统（非突变）型检测用的Wild Type Primer / Probe，也能在变异株中观察到扩增信号。请务必使用传统   （非突变）型检测用的Wild Type Primer/Probe 和突变型检测用的Mutant Type  Primer/Probe两种进行检测。比较两种Ct值，若突变型检   测用Mutant Type  Primer/Probe的Ct值较小，则判断该病毒为变异株。

◆实验案例

变异株检测的应用数据

用以下5种新型冠状病毒株的纯化RNA对本试剂盒进行测试：

●　Omicron毒株（B.1.1.529）：TY38-873P1，由日本国立传染病研究所提供

●　alpha毒株（B.1.1.7）：QHN001，N501Y突变，由日本国立传染病研究所提供

●　Beta毒株（B.1.351）：TY8-612，N501Y突变，E484K突变，由日本国立传染病研究所提供

●　gamma毒株（P.1）：TY7-501，N501Y突变，E484K突变，由日本国立传染病研究所提供

●　传统毒株（VR-1986HK）：从ATCC购买的热灭活新型冠状病毒株

样本拷贝数：5000拷贝/孔

循环数：45

 

① Omicron株（B.1.1.529）：TY38-873P1

Omicron毒株在N区含有del31-33突变，因此N del31-33 Mutant type Primer / Prob的扩增曲线（红色）比Wild type Primer / Probe的扩增曲线（蓝色）更早起峰。

 

② alpha株（B.1.1.7）：QHN001

alpha毒株在N区中不含del31-33突变，因此Wild type Primer / Probe（蓝色）的扩增曲线比 N del31-33 Mutant type Primer / Probe（红色）的扩增曲线更早起峰。虽然alpha毒株与Omicron毒株均含有N501Y突变，但经确认本产品不与alpha毒株产生反应。

 

③ Beta株（B.1.351）：TY8-612

Beta毒株在N区中不含有del31-33突变，因此Wild type Primer / Probe的扩增曲线（蓝色）比N del31-33 Mutant type Primer / Probe的扩增曲线（红色）更早起峰。虽然Beta毒株与Omicron毒株均含有N501Y突变，但经确认本产品不与Beta毒株产生反应。

 

④ gamma毒株（P.1）：TY7-501

gamma毒株在N区中不含del31-33，因此Wild type Primer / Probe的扩增曲线（蓝色）比N del31-33 Mutant type Primer / Probe的扩增曲线更早起峰。虽然gamma毒株与Omicron毒株均有N501Y突变，但经确认本产品不与gamma毒株产生反应。

 

⑤ 传统毒株（VR-1986HK）：从ATCC购买的热灭活新型冠状病毒株

传统毒株在N区中不含del31-33突变，因此Wild type Primer / Probe的扩增曲线（蓝色）比N del31-33 Mutant type Primer / Probe的扩增曲线（红色）更早起峰。

 

对照RNA的检测数据

使用本试剂盒测定合成Omicron菌株的对照ssRNA。

在不含N del31-33突变的对照ssRNA（Wild Type Control RNA）中，Wild type Primer / Probe的扩增曲线（蓝色）比N del31-33 Mutant type Primer / Probe的扩增曲线（红色）更早起峰。

在含N del31-33突变的对照ssRNA（N del31-33 Mutant Type Control RNA）中，N del31-33 Mutant type Primer / Probe的扩增曲线（红色）比Wild type Primer / Probe的扩增曲线（蓝色）更早起峰。

PCR反应条件

将板置于qPCR仪板，按以下流程设定。

◆变异株一览表

变异株	N501Y突变	E484K突变	L452R突变	E484Q突变	del247-253突变	N del31-33突变
传统毒株	－	－	－	－	－	－
Alpha毒株 （B.1.1.7）	＋	－	－	－	－	－
Beta毒株 （B.1.351）	＋	＋	－	－	－	－
Gamma毒株 （P.1）	＋	＋	－	－	－	－
Epsilon毒株（B.1.427/B.1.429）	－	－	＋	－	－	－
Kappa毒株（B.1.617.1）	－	－	＋	＋	－	－
Delta毒株 （B.1.617.2）	－	－	＋	－	－	－
Lambda毒株 （C.37）	－	－	－	－	＋	－
Omicron毒株（B.1.1.529）	＋	－※	－	－※	－	＋

※含E484A突变

※ 本页面产品仅供研究用，研究以外不可使用。

FAQ

Q1：是否可以判断新型冠状病毒阳性/阴性？

A1：本试剂盒用于检测阳性样品中是否存在基因突变，不能判断为阳性/阴性。请使用SARS-CoV-2 RT-qPCR Detection Kit Ver. 2（产品编号：285-33801）进行阳性/阴性的判断。本试剂盒也可以与 RNA简易提取试剂SARS-CoV-2 Lysis Buffer Ver. 2（产品编号：281-34501） 配合使用。

 

Q2：是否可以检测direct PCR 等简单提取的RNA样品？

A2：请使用RNA提取/纯化试剂盒纯化的RNA。

●　离心柱类型：ISOSPIN病毒RNA（产品编号：310-08931，Nippon Gene）

●　自动核酸提取仪：QuickGene-Auto 12S / 24S（仓敷纺织，另需QuickGene AutoS RNA Virus Kit，产品编号：633-50801）

 

 

Q3：试剂盒包装【20 Reactions】是指？

A3：【20 Reactions】指可以分开进行20孔的实时PCR。每个样品需要2个孔（如下），即10个样品。

①含有传统菌株Primer / probe的孔

②含有变异毒株Primer / probe的孔

 

Q4：试剂盒中是否包含病毒的阳性对照RNA？

A4：本试剂盒不含阳性对照。

 

Q5：当野生型和突变型的扩增曲线均起峰时，应如何进行判断？

A5：如果病毒量高，无论是变异株样品，还是野生株，都有可能在其引物/探针中观察到扩增信号。然而，在此情况下，变异株的扩增信号上升得更快（Ct值小）。请务必通过变异株和传统菌株用的两种引物和探针进行检测，以确定 Ct 值的差异。详情请参阅说明书中的“判断方法”。