protifi产品简介

ProtiFi 为组学研究开发技术和产品。

组学是对整个生物分子群体的分析，通常是一类特定的生物分子。它包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、糖组学、代谢组学和脂质组学等领域。组学技术产生关于健康和疾病状态的大量细节，并将支持个性化医疗。然而，将研发组学转化为临床相关性仍然很困难。具体而言，由于样本处理不当、缺乏真正的多组学分析和数据分析软件的局限性，进展受到阻碍。只有解决这些问题，组学才能产生可​​操作的生物学见解，如诊断。 
 
样品制备一直是导致整体组学数据变异的最大因素。 不正确的样品制备会显着降低灵敏度并导致较大的观察偏差。此外，传统的样品制备包括破坏除正在研究的分子以外的所有分子类别，*排除了真正的多组学方法。然而，疾病的标记存在于每一类生物分子中。因此，全面了解生物状态需要标准的多组学样品制备方法。

多组学带来了自己的挑战。当前的计算工具通常是为一类特定的生物分子设计的。工具经常使用非理想的统计数据并且无法报告结果的可信度。重要的是，可用的工具是为组学专家设计的，而不是为医学和生物学研究人员等最终用户设计的，他们的特定领域专业知识对于最大限度地理解和洞察至关重要。

ProtiFi 开发了多种技术和产品来应对这些挑战并将组学研究推向临床应用：

(1)  S-Trap用于快速、可重复的蛋白质组学样品制备
(2) Si-Trap用于高效同时处理多组学中的单个样品
(3) Tryp-N，一种蛋白酶，可在更好的条件下提供更清晰的 MS/MS 谱图检测极限
(4) SimpliFi ，数据可视化软件，使研究人员能够轻松探索他们的数据及其含义

蛋白质组学是研究蛋白质群体的科学，蛋白质是细胞的主力。蛋白质是高度动态的，会根据细胞类型、年龄和健康状况而变化。这些蛋白质表达的状态依赖性变化产生了关于生物体当前状况的信息宝库。因此，蛋白质组学可用于广泛的研究。例子包括疾病及其进展的检测、药物反应、食物的特性和质量、感染状态和微生物肠道健康，以及许多其他问题。尽管这种深入的知识具有巨大的潜力，但蛋白质组学一直受到样品制备、样品重现性、灵敏度和数据分析方面的问题的阻碍。ProtiFi 针对这些问题开发并商业化了解决方案。

S-Trap ™样品处理技术是方便的离心柱或可自动化的 96 孔板，能够在蛋白质组学样品制备中使用 SDS。SDS 是一种几乎通用的蛋白质溶剂，它甚至可以溶解溶解性差的分子，如膜蛋白，这些分子通常以颗粒形式丢弃。S-Trap ™样品处理开始于样品裂解和溶解在 5% SDS 中。蛋白质通过酸化至 pH < 1 并随后暴露于高浓度甲醇而进一步变性。这种三阶段变性确保*破坏不需要的酶活性，如蛋白酶和磷酸酶，并最大限度地提高下游消化的效率。还原和烷基化可以在 5% SDS 中进行，防止沉淀，或者在变性蛋白质被捕获后在柱上进行。

变性、未消化的蛋白质通过离心、正压或真空与 S-Trap 结合。多重弱亲和力相互作用将未消化的蛋白质保留在衍生化二氧化硅 S-Trap 的孔中。捕获的蛋白质具有最大的表面积，允许它们在几分钟内*洗掉所有污染物：去污剂、PEG、甘油、去污剂、盐、Laemmli 上样缓冲液等

。添加您选择的蛋白酶后，物理限制在陷阱的亚微米孔迫使底物和蛋白酶相互作用以产生快速消化。捕集阱对消化后洗脱的肽没有亲和力。

S-Traps 可用作离心柱、96 孔板或带有预制缓冲液的完整试剂盒，以方便、缩短准备时间和一定程度地重现。96 孔板与多个自动化平台兼容，包括 Tecan A200 正压工作站和 Agilent Bravo。

Tryp-N ™是冷泉港实验室 (CSHL) 设计的一种嗜热金属蛋白酶，对精氨酸和赖氨酸具有 N 端特异性。Tryp-N ™通过产生肽的基本中心——K/R 的氨基末端和侧链——位于一起以产生以 b 离子为主的光谱，从而提供清晰的光谱和更高的灵敏度。Tryp-N 已被证明可产生简化的 MS/MS 碎裂并具有最佳的蛋白水解活性。¹ Tryp-N 谱图提供互补的离子系列以补充胰蛋白酶，使您能够更轻松地找到并具体定位 PTM。PTM 的 PTM 识别和定位，例如 YST 簇中的磷酸化，以及从头测序。此外，由于离子电流在 MRM 分析的碎裂过程中保留在 b 离子上，而不是在胰蛋白酶肽的两个带电末端之间被稀释，因此灵敏度通常会提高。

作为一种嗜热酶，消化可以在几分钟到几小时内完成，而不是一夜之间。添加 EDTA 以实现可重现的部分消化并增加序列覆盖率，可以轻松控制消化。Tryp-N ™裂解不受脯氨酸或赖氨酸甲基化的影响。在更高的温度下——T opt为 65 °C——蛋白质会变性，有助于分析难以消化的蛋白质。Tryp-N ™在各种实验条件下都非常稳定，包括 pH (5-11)、缓冲液、离子强度和去污剂。在更高的温度下，内源性酶会变性并失去活性，这是处理讨厌的磷酸酶和蛋白酶的有用方法。

Tryp-N 蛋白酶的速度、特异性、易用性和整体有效性，再加上其提供更多可解释光谱的能力，使其成为蛋白质组学工具包的重要组成部分。

SimpliFi 是一个可通过浏览器访问的在线平台，可将组学数据转化为生物学理解。所有技能水平的用户都可以探索和可视化他们的数据，以了解生物状态并形成假设。SimpliFi 接受并整合来自任何方法（蛋白质组学、脂质组学、代谢组学、转录组学等）的各种量化组学数据，并将数据提炼成干净、交互式的丰富差异表达通路、GO 富集、细胞标记、蛋白质-蛋白质相互作用网络的显示和分子水平的分类。UniProt 和 ChEBI 标识符产生最多的效用，只需单击鼠标右键即可导出所有结果。

SimpliFi *采用非参数统计和重采样方法，对生物重复的生物变异进行建模，并将观察到的差异解释为生物变异、样本和观察数量以及测量误差的函数。这种方法正确地解决了非高斯生物学分布和组学测量的强度依赖性：1 对 2 计数与 1000 对 2000 计数不同。SimpliFi 使用引导和重采样方法来始终计算和显示 p 值和折叠变化的置信区间。允许并考虑缺失值。SimpliFi 还提供标准统计检验（t 检验、Wilcoxon、重采样）并强制执行批次控制和异常值分析（Pearson 相关性、PCA、层次聚类），然后再启用进一步的数据可视化、探索或分析。如果检测到批次、运行顺序影响或异常值，用户会收到警告。 

SimpliFi 在 GPU 上运行以促进对大型数据集的分析。

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